1.划拨土地契税多缴与退税
划拨用地不属于契税征收范围。2020年8月11日新修订的《中华人民共和国契税法》第二条所称转移土地、房屋权属的行为采用列举法。第二条未包含划拨土地使用权。因此，划拨土地使用权不属于《契税征收法》的征收范围。纳税人取得划拨用地的行为不应缴纳契税。2015年，西安航天基地A房地产开发有限公司摘得某200亩开发用地及配建廉租房配建项目划拨用地7100平米，其中应付划拨地价款400万元。办理土地使用权证时，长安区国土资源局要求应缴纳契税12万元。仔细研读，《中华人民共和国契税暂行条例》(国务院令1997年第224号，以下简称条例)、《契税征收管理若干具体事项的通知》(国税发[1997]176号，以下简称176号文)、《财政部 国家税务总局关于国有土使用权出让等有关契税问题的通知》(财税[2004]134号，以下简称134号文)、《国家税务总局关于免征土地出让金出让国有土地使用权征收契税的批复》(国税函[2005]436号)等核心税收政策，均无划拨地价款应征应缴契税的明文规定。由此推定，划拨用地(划拨地价款)不属于契税的征收范围。西安市航天基地税务局咨询上级税务局后，确认现行税收政策对此没有明文规定，对此给予了不征契税批复。长安区国土局收到免征契税的审批件后，称这是西安市第一例。可以推测，全国范围内多缴的契税是一个大数字。新修订的契税法延续了旧条例，对于划拨用地缴纳的划拨地价款仍不征收契税。
今年三月份，东莞市李某从网上看到过我相关的文章，就她多缴超过12年6000.00元契税如何追回一事咨询我：2008年4月28日，其将当时唯一的住房转让给宋**。此房的房产证已经满五年且是其当时唯一的住房。根据税收政策，此房转让应当免征个人所得税、营业税及其它税收。其多缴纳个人所得税人民币陆仟元整(￥6000.00)。最近才发现多缴个人所得税。时隔13年才发现多缴税款问题，已经远超过税收征管法中提及的3年。
我立即联想到2020年5月6日北京市第二中级人民法院于2020年4月28日做出的《国家税务总局北京市西城区税务局等与刘玉秀二审行政判决书》((2019)京02行终964号行政判决书)、《国家税务总局北京市西城区税务局等与沈恒二审行政判决书》((2019)京02行终963号行政判决书)。北京一二审法院判决纳税人胜诉。税收征管法第51条、52条并没有对纳税人追索多缴税款时效做出明确的规定。税收法律法规不可能明确规定：纳税人多缴税款的时间超过三年就归国家所有。否则，明显侵害了公民及企业的合法权益。我为她整理了行政复议申请书，辅导她提请行政复议。李某通过自已的努力拿回了多缴的税款。我和她十分感谢东莞市东城区税务局，它是全国最优秀的地方税务局之一。
或者，受沈恒刘玉秀案判影响，《契税法》(中华人民共和国主席令第52号)第十二条及其附属文件《财政部 税务总局关于贯彻实施契税法若干事项执行口径的公告》(财政部 税务总局公告2021年第23号)第五条关于纳税凭证、纳税信息和退税第(四)项第1小项规定，因人民法院判决或者仲裁委员会裁决导致土地、房屋权属转移行为无效、被撤销或者被解除，且土地、房屋权属变更至原权利人的;在依法办理土地、房屋权属登记前，权属转移合同、权属转移合同性质凭证不生效、无效、被撤销或者被解除的，且土地、房屋权属变更至原权利人的，纳税人可以向税务机关申请退还已缴纳的税款。对于纳税人疏忽、计算错误等主观原因导致的多缴税款，税务总局仍未给出明确的政策答复。纳税人维护自身合法利益仍有一段较长的路。
2.经济适用房转商品房的计税依据
经济适用房是政府为解决中低收入家庭的住房困难而推出的带有优惠政策的普通住宅。类似性质的房屋包括安置房、房改房等(以下无特别说明，均统称为经济适用房)。个人及单位取得经济适用房、安置房、房改房、公租房、公私共有产权房、廉租房等房屋产权的，应按规定缴纳契税。各地对经济适用房转商品房补缴契税的计税方法有较大的不同。
浙江青田县政府规定，住宅用地划拨土地使用权按拟出让时的出让土地使用权市场价格的40%补缴土地出让金;《宁波市人民政府办公厅关于市区国有划拨土地使用权补办出让的若干意见》(甬政办发〔2018〕92号)规定，2009年1月14日后，经济适用住房上市交易的按财税部门核定的计税价格与原购买经济适用住房价格差价的50%向政府缴纳土地收益等价款，交易税费按规定缴纳。经济适用房用地补缴土地出让金标准按《关于印发宁波市市区经济适用住房上市交易缴纳土地收益等价款办法的通知》(甬政办发〔2009〕8号)规定执行，该办法第五条规定缴纳的土地收价款包含土地出让金。拆迁安置房用地按现行基准楼面地价的3%补缴土地出让金。商服、工矿仓储及公共管理与公共服务等其他用地
统一按评估期日的国有出让建设用地使用权市场评估地价的一定比例补缴土地出让金，其中商服用地补缴比例为50%，工矿仓储及其它用地补缴比例为40%，但各区已有规定高于上述标准的，从其规定。
经济适用房转商品房的契税的土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。个人认为，地方政府可以按差额征收土地出让金，契税却应按所处地段土地出让金基准地价全额征收。否则，虚减了契税的计税基础导致少征契税。考虑经济适用房中已就划拨地价款部分缴纳了契税的事实，可以采用合理的办法计算扣除已缴的契税。
财政部 税务总局公告2021年第23号第九条规定，土地使用权出让的计税依据包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、征收补偿费、城市基础设施配套费、实物配建房屋等应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。其中，土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、征收补偿费等属于土地一级开发支出(征地及拆迁安置补偿)，与取得出让的土地使用权出成本无关。如果出让的土地是净地，不存在征地及拆迁安置补偿。如果取得未经拆迁安置的毛地，地方政府也将在土地达到开发条件时，与开发企业结算征地及拆迁安置的财政策结算，就征地成本进行决算。土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、征收补偿费等属于土地一级开发的成本支出，与开发用地的土地使用权取得成本相关，是地方政府地取得土地使用权过程中发生的各项成本支出。但是，开发企业出让土地使用权的取得成本是土地出让金及其相关的契税及其它相关费用支出。
3.纳税义务发生时间：交易合同还是产权证过户
房地产转让相关的时间含房屋预售合同签订时间、现房销售合同(含其他具有土地房屋权属转移合同性质凭证)签订时间、房款支付时间、房屋交付时间、契税缴纳时间、产权证办理时间。房地产转让纳税义务发生时间以哪个时间为准?契税法第九条规定，契税的纳税义务发生时间，为纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当日，或者纳税人取得其他具有土地、房屋权属转移合同性质凭证的当日。第十条规定，纳税人应当在依法办理土地、房屋权属登记手续前申报缴纳契税。这两个时间通常不一致，甚至相差很远。
财政部 税务总局公告2021年第23号第四项关于纳税义务发生时间的具体情形，按规定不再需要办理土地、房屋权属登记的，纳税人应自纳税义务发生之日起90日内申报缴纳契税的情形有：1.人民法院、仲裁委员会的生效法律文书或者监察机关出具的监察文书等生效当日;2.改变有关土地、房屋用途等情形的当日;3.改变土地性质、容积率等土地使用条件的当日。
不属于上述三种情形的，契税法第十条规定，纳税人应当在依法办理土地、房屋权属登记手续前申报缴纳契税。可见，除财税公告2021年第23号第四项规定的三种特殊情形外，纳税人应当在依法办理土地、房屋权属登记手续前申报缴纳契税。从契税的纳税义务发生到纳税义务发生的时间间隔基于客观事实可能比较长的实际状况，契税法给予了合理的时间间隔，体现了宽容和谅解的态度。
4.差额纳税
土地使用权互换、房屋互换，互换价格相等的，互换双方计税依据为零;互换价格不相等的，以其差额为计税依据，由支付差额的一方缴纳契税。
土地使用权与房屋交换应当征收契税，因为二者交易标的物不属于同一性质。
5.退税
财政部 税务总局公告2021年第23号第五条规定，因人民法院判决或者仲裁委员会裁决导致土地、房屋权属转移行为无效、被撤销或者被解除，且土地、房屋权属变更至原权利人的。这条规定继承《国家税务总局关于无效产权转移征收契税的批复》(国税函[2008]438号，2008-05-20)规定，对经法院判决的无效产权转移行为不征收契税。法院判决撤销房屋所有权证后，已纳契税款应予退还。也是对沈恒刘玉秀案例的回应。
6.已缴契税后办理产权证前撤销合同能否申请退税
签订合同后已缴契税未办产权证前，纳税人取消合同，是否退税?这虽不属于财政部 税务总局公告2021年第23号第五条规定的情况。房屋产权证依然在原产权人手中，与财政部 税务总局公告2021年第23号第五条规定的情形在实质上是相同的，推定也应当退税。《国家税务总局关于办理期房退房手续后应退还已征契税的批复》(国税函[2002]622号)规定，按照现行契税政策规定，购房者应在签订房屋买卖合同后、办理房屋所有权变更登记之前缴纳契税。对交易双方已签订房屋买卖合同，但由于各种原因最终未能完成交易的，如购房者已按规定缴纳契税，在办理期房退房手续后，对其已纳契税款应予以退还。
《国家税务总局关于抵押贷款购买商品房征收契税的批复》(国税函[1999]613号)规定，购房人以按揭、抵押贷款方式购买房屋，当其从银行取得抵押凭证时，购房人与原产权人之间的房屋产权转移已经完成，契税纳税义务已经发生，必须依法缴纳契税。对于现房的银行按揭贷款，613号文没有问题。但是，对于期房银行按揭贷款，因为房屋尚未交付，房屋产权证尚未办理，契税纳税义务并未发生。银行对目标房屋未取得完全的抵押凭证。因此，对于期房抵押，613号文应当不适用。
